L’excellence de la recherche financée par le Programme des chaires de recherche Canada 150 stimule l’expertise du pays en matière de santé publique

En 2017, le gouvernement fédéral a annoncé la création du Programme des chaires de recherche Canada 150, un programme dans lequel il a investi 117,6 millions de dollars pour renforcer la capacité de recherche du Canada. Cette initiative s’est avérée d’une importance vitale à l’approche de la pandémie de COVID-19.

Depuis 2018, Caroline Colijn est titulaire de la Chaire de recherche Canada 150 en modélisation mathématique de l’évolution des agents pathogènes et santé publique à la Simon Fraser University. Pour sa part, Yves Brun a rejoint les rangs de l’Université de Montréal en 2019 à titre de titulaire de la Chaire de recherche Canada 150 en biologie de la cellule bactérienne. M^me Colijn fait œuvre de pionnière en matière de compréhension et de modélisation de la propagation des épidémies tandis que M. Brun est un expert de renommée mondiale dans le domaine des bactéries. Tous deux de nationalité canadienne, elle et lui menaient depuis des années des recherches à l’étranger aux deux extrémités du spectre de la maladie.

Caroline Colijn : « En l’espace de 18 mois, une pandémie mondiale se déclenchait. »

Les recherches avant-gardistes de Caroline Colijn combinent les mathématiques, les statistiques, l’évolution et l’épidémiologie pour comprendre et prédire la dynamique des maladies infectieuses. Après avoir terminé ses études au Canada et effectué des travaux postdoctoraux à la Harvard School of Public Health, elle s’est installée au Royaume-Uni en 2007, où elle a occupé des postes à l’University of Bristol, puis à l’Imperial College de Londres.

Selon elle, le Royaume-Uni était un lieu dynamique et passionnant pour faire avancer la science, mais elle désirait tôt ou tard revenir au Canada. Elle ignorait quand elle en aurait l’occasion jusqu’au jour où elle a entendu parler du Programme des chaires de recherche Canada 150. « J’ai tout de suite vu ce programme comme une chance incroyable, un moyen de faire avancer ma carrière au Canada et de pouvoir y diriger un groupe de recherche », explique la chercheuse.

Un an et demi après son arrivée à la Simon Fraser University paraissaient les premiers articles faisant état d’un « nouveau coronavirus ». C’est alors que M^me Colijn s’est mise à se renseigner davantage au sujet de bioRxiv, un serveur de prépublications sur lequel les spécialistes en sciences de la vie peuvent diffuser les premiers résultats de leurs recherches.

« Très rapidement, j’ai lu des articles qui tentaient d’estimer le nombre de reproductions de base ou d’autres valeurs, se rappelle-t-elle. J’ai lu des articles qui décrivaient des événements de transmission dans les avions, par exemple. Je me suis dit que nous devions nous pencher sur ces données pour voir comment les utiliser. » C’est ainsi qu’en février 2020, aidée de sa collègue Jessica Stockdale (en anglais), M^me Colijn a organisé un programmathon d’une fin de semaine à la Simon Fraser University.

« Nous pensions qu’il serait intéressant d’organiser un programmathon pour examiner les données publiques. Nous avons donc réuni des étudiantes et des étudiants de tous les niveaux, des chercheuses et chercheurs de niveau postdoctoral ainsi que d’autres personnes intéressées. Nous avons même invité le BC Centre for Disease Control (BCCDC) – nous avons d’ailleurs ensuite travaillé pendant des années avec son équipe de modélisation provinciale », explique la chercheuse.

Alors que le virus se propageait dans le monde, Caroline Colijn redoublait d’efforts pour le combattre. Elle a tenu de nombreux rôles, notamment au sein du BC COVID-19 Modelling Group et du groupe d’experts sur la COVID-19 fondé par le conseillère scientifique en chef du Canada. En même temps qu’elle conseillait le BCCDC, l’Agence de la santé publique du Canada s’appuyait sur son équipe pour établir des projections hebdomadaires des cas de COVID-19 au Canada. Durant cette période, la chercheuse partageait également ses connaissances en accordant des entrevues à de grands médias, dont CBC News, le Toronto Star et le Globe and Mail.

Caroline Colijn est fière d’avoir joué un rôle dans la prise de décisions qui, selon elle, ont sauvé des vies. En se basant sur ses outils de modélisation, elle a plaidé en faveur de mesures de distanciation sociale en Colombie-Britannique, de la vaccination prioritaire des travailleuses et travailleurs en contact étroit avec le public et du report de la prise de la deuxième dose du vaccin jusqu’à ce qu’un plus grand nombre de personnes aient reçu leur première dose.

Les travaux en matière de santé publique que M^me Colijn et d’autres spécialistes de la faculté des sciences de la santé de la Simon Fraser University ont menés durant la pandémie ont contribué à renforcer la réputation de l’université en tant que pôle de santé publique. D’ailleurs, la faculté de médecine de l’université devrait accueillir sa première cohorte étudiante en 2026.

Pour la chercheuse, le plus important maintenant est de s’assurer que l’infrastructure de recherche mise en place pendant la pandémie ne disparaisse pas. « À cause du changement climatique et de la densification des populations humaines, nous pourrions voir apparaître plus de virus à potentiel pandémique, confie-t-elle. Nous devons donc continuer à bien nous préparer aux pandémies, à renforcer nos capacités d’analyse et à développer nos outils de collecte et de partage des données. »

Madame Colijn fait partie d’une équipe qui propose d’unifier et de renforcer l’infrastructure canadienne de préparation aux pandémies en créant une ressource nationale unique au moyen de laquelle les spécialistes pourront partager leurs connaissances et leurs outils de modélisation. Toutefois, le partage des données au-delà des frontières demeure un défi majeur. « J’y travaille, précise la chercheuse, tout en poursuivant mes propres travaux sur les meilleurs outils de modélisation et d’analyse pour comprendre comment les agents pathogènes évoluent et se propagent. »

Yves Brun : « Durant la pandémie, nous avons appris à quel point il est important d’aider le public à comprendre la science. »

Pendant plus de 25 ans, Yves Brun a mené une brillante carrière en microbiologie aux États-Unis. Après avoir achevé ses études au Canada, il a entrepris des recherches postdoctorales à la Stanford University, puis il est entré au service du département de biologie de l’Indiana University.

« Mon équipe et moi avons probablement constitué le groupe le plus solide en microbiologie – ou plus précisément en bactériologie fondamentale – aux États-Unis, souligne-t-il. Ce groupe est l’un des meilleurs au monde. »

Féru de collaboration multidisciplinaire, M. Brun estime que celle-ci lui permet de se consacrer à l’une de ses plus grandes forces : approfondir les connaissances sur les cellules bactériennes. La collaboration multidisciplinaire lui permet également de faire appel à de brillants esprits dans le but de découvrir des applications pratiques.

Il comptait revenir un jour au Canada. Mais, occupant un poste formidable aux côtés de fantastiques collègues à l’Indiana University, il ignorait si une occasion se présenterait avant sa retraite. Heureusement, cette occasion s’est offerte quand l’Université de Montréal l’a recruté. Il est alors venu s’installer dans sa « ville préférée au monde » pour mener des recherches en tant que titulaire de chaire de recherche Canada 150.

« Montréal compte de nombreux établissements et une multitude de personnes effectuant des recherches passionnantes, précise-t-il. Là, j’ai facilement pu établir des liens avec des gens d’horizons très différents du mien, ce que j’ai toujours aimé faire ».

À l’Université de Montréal, M. Brun dirige un laboratoire de 15 personnes qui se penche sur les mécanismes fondamentaux du comportement bactérien et leur évolution. Les travaux de son laboratoire permettent de mieux comprendre l’organisation cellulaire des bactéries de même que leur croissance, leur reproduction, leur adhésion et leur vieillissement.

« Nous vivons un moment crucial dans la recherche sur les bactéries, explique-t-il, car de plus en plus de bactéries résistent aux antibiotiques. » Dans son laboratoire, il étudie deux cibles prometteuses pour le développement de nouveaux antibiotiques : la synthèse de la paroi cellulaire bactérienne et l’adhésion des bactéries aux surfaces.

Récemment, M. Brun a mis sur pied une équipe de recherche pancanadienne composée de 15 professeures et professeurs, dont Yoshua Bengio, l’informaticien réputé être l’un des « parrains de l’intelligence artificielle ». Récemment financé, le projet de recherche de cette équipe combine des méthodes de microscopie ultrarapide pour produire de riches ensembles de données qui permettent de former des modèles d’apprentissage automatique pour détecter de nouveaux antibiotiques. Leurs résultats pourraient aider à réagir plus rapidement aux pandémies futures.

« Grâce au Programme des chaires de recherche Canada 150, j’ai pu prendre des risques et m’engager dans de nouvelles directions, observe le chercheur. Il est rare, au cours d’une carrière, d’avoir la chance d’explorer des pistes risquées. Pourtant cela peut avoir de bons résultats. »

C’est aussi grâce à ce programme que M. Brun a réussi à sensibiliser davantage le public et à partager ses connaissances.

« Durant la pandémie, nous avons appris à quel point il est important d’aider le public à comprendre la science, remarque-t-il, mais nous n’avons généralement pas le temps de le faire, car nous sommes trop occupés à enseigner ou à rédiger des articles ou des demandes de subvention. »

Yves Brun est particulièrement fier d’avoir organisé, avec le concours de la Société des arts technologiques, une conférence publique intitulée The Poetry of Bacteria, qui s’est tenue pendant deux semaines à Montréal, en avril 2022. Pour réaliser cet événement, il a travaillé avec des graphistes et un directeur de théâtre afin de créer une expérience entièrement immersive dans un dôme équipé d’un écran de projection sphérique à 360 degrés.

« L’objectif était de montrer que les bactéries sont fascinantes en montrant ce que nous savons d’elles et de leurs fonctions. Il ne s’agissait pas seulement de présenter leurs mauvais côtés, mais également de souligner leurs bons côtés, car en réalité ce n’est qu’une minorité de bactéries qui rendent malade. En fait, les bactéries sont extrêmement importantes pour la santé. Le public a été impressionné, soutient-il, et les enfants de 7 et 10 ans qui le composaient nous posaient des questions. »

Yves Brun est enchanté de transmettre sa passion pour les bactéries à la prochaine génération et de découvrir vers où celle-ci se dirigera.

« J’ai toujours été un producteur de connaissances, conclut-il. Voilà ce qui sert de toile de fond à toutes celles et tous ceux qui mettent des applications au point. »

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